RENDEZ VOUS HUMANISTES santé virus 2 (covid)

              05/12/2020                                                 RENDEZ VOUS HUMANISTES n°2

                                                                                            2020 semaine49

                                Ce deuxième article traite des coronavirus , particulièrement du

                                                        SARS-CoV-2 encore appelé COVID19

• Pour ne pas être trop fastidieux j'ai beaucoup simplifié ,peut être abusé d'annotations. J'ai toutefois souhaité rester rigoureux concernant la structure du covid et les figures A ,B,C afin que cela puissent vous servir de repaire lors de la consultation des autres paragraphes.

                      Les coronavirus se classent en quatre genres (alpha béta gamma delta) .

• Sept sont responsables d'infection humaines(deux alpha , cinq béta)
• Parmi eux SARS-CoV-1 2002 en Chine
• MERS-CoV 2012 en péninsule arabique
• SARS-CoV-2 identifié à Wuhan 2019

     SARS-CoV-1 et SARS -CoV-2 ont beaucoup de similitudes mais aussi des particularités.

                                             La maladie COVID19 se caractérise par

• une incubation d'environ 5 jours
• dans 70% des cas ,on voit apparaître une toux-de la fièvre-une difficulté respiratoire
• le patient constate parfois une perte du goût et ou de l'odorat
• Ensuite les signes régressent de façon plus ou moins rapide ,plus ou moins régulièrement...
• Dans d'autres cas, l'évolution est plus défavorable suite à une réaction immunitaire inadaptée ,excessive  « orage cytokinique »,avec aggravation des difficultés respiratoires, syndrome inflammatoire. Fréquemment s'associe des troubles de la coagulation. Le tout pouvant aboutir dans les cas sévères à une septicémie virale avec choc septique se terminant par une détérioration des organes suivie d'un décès.

                                                                   STRUCTURE DU SARS CoV-2 .

1Le génome du covid 19 (matériel génétique) fig 1A

• Je rappelle pour simplifier que comme tout génome ,il peut être comparé à un ruban d'acide nucléique dont l'unité de construction est le nucléotide qui lui même résulte de la cohésion d'une base azotée /d'un sucre /de groupements (mono ,di ,tri) phosphate.
• La façon dont s'enchainent les nucléotides détermine la succession des bases de l'acide nucléique et constitue ainsi le message génétique utile à la formation par réplication de molécules plus complexes .

Pour le covid19 le sucre des nucléotides est le ribose, c'est pourquoi l'acide nucléique est appelé acide ribonucléique (ARN). Il est monocaténaire (un brin) à polarité positive.

• 2/3de l'ARN codent pour un vaste gène réplicase (composé de ORF1a et de ORF1b ), traduit en deux larges poly protéines (pp1a etpp1b),clivées ensuite en seize protéines non structurales incluant deux protéases et une ARN-polymérase ARN dépendante.
• 1/3 restant d'ARN code pour les protéines de structure du virus

1. -protéine S (spike)
2. -hémagglutinine estérase (HE)
3. -protéine de membrane (M)
4. -protéine d'enveloppe (E)

2La capside. Constituée de protéines N qui rattachées à l'ARN viral forment la nucléocapside .Elle est entourée d'une

3 enveloppe phospholipidique( La perte de l'enveloppe virale ou l'élimination des composants lipidiques empêche le virus d'infecter la cellule hôte La composante la plus sensible de l'enveloppe virale la membrane lipidique peut être détruite par des alcools dissolvants des graisses :éthanol ou iso propanolol Les détergents doux ou le savon peuvent aussi diminuer les capacités du virus.) dans cette enveloppe sont enchâssées les glycoprotéines de surface vues ci dessus (S,HE,M,E).

La protéine S destinée comme on le verra à se lier à un récepteur cellulaire est formée                                          de deux sous unités

• -S1 qui contient le domaine de liaison au récepteur.
• -S2 essentiel à la fusion du virus à la membrane de la cellule hôte.

                                              L'INFECTION DE L'HOMME PAR LE SARS COVID-2

LE SARS COVID-2 EST UNE ZOONOSE (maladie provenant de l'animal) .Pour beaucoup de chercheurs c'est la chauve-souris qui fait office de réservoir viral. C'est le pangolin (mammifère sauvage commercialisé et consommé en Chine) qui jouerait le rôle d'hôte intermédiaire Sa niche écologique couvre celle de la chauve-souris permettant ainsi son infection par le covid-2 qui y subirait alors une translocation du domaine de liaison, une évolution virale qui faciliterait son passage à l'homme.

LA TRANSMISSION CHEZ L'HOMME se fait par projection de gouttelettes respiratoires chargées de particules virales qui si elles ne persistent pas dans l'air peuvent toutefois être transmises de façon directe au contact des muqueuses (interêt du port du masque) ou indirecte au contact de particules virales projetées sur des surfaces inertes ou elles peuvent survivre plusieurs jours.( interêt de la désinfection des objets et du lavage des mains).

INFECTION CELLULAIRE CHEZ L'HOMME fig 1 C ;Le Covid19 est un parasite intracellulaire. Incapable de se reproduire comme une cellule par division Pour se répliquer , il dépend d'une cellule hôte qu'il doit infecter pour détourner et utiliser son métabolisme.

Il semble que ses cibles privilégiées soient les cellules épithéliales des poumons ou des vaisseaux (endothélium) Ces cellules sont très riches en récepteurs ACR2 situés sur leur membrane et dont la dénomination vient de leur fonction qui est d'assurer la réception de l'enzyme de conversion qui dégrade l'angiotensi2(vasoconstrictrice)en  angiotensine1( vasodilatatrice).

Nous avions signalé lors de l'étude de la structure du Covid19 qu'il portait enclavé dans son enveloppe la protéine S dont l'extrémité S1 est pourvue d'un fort tropisme pour les récepteurs ACE2 et s'y fixe.

Sous l'effet d'une enzyme (TMPRSS2) produite par la cellule hôte se réalise un clivage entre les deux sous unités S1/S2 . Ainsi mise à nu la partie S2 proximale de l'enveloppe virale favorise sa fusion avec l'enveloppe cellulaire de la cellule hôte permettant l'entrée du virus à l'intérieur de cette dernière.

Lors de la pénétration dans la cellule, la nucléocapside est libérée dans le liquide cytoplasmique (cytosol) de la cellule infectée, il se produit une décapsidation (le génome se désolidarise des protéines N qui constituent la capside).

Le gène réplicase constituant de l'ARN se traduit en 2 poly protéines (voir structure Covid2) qui après intervention de protéases subiront une protéolyse constituant un vaste complexe de protéines de transcription et de réplication utile pour assurer

 -la reconstruction de l'ARN                                                                                                                                                 -la synthèse d'ARN sous- génomique avec traduction en protéine N ,en glycoprotéine d'enveloppe.                                                                                                                                                                                                                           Après assemblage de ces éléments, reconstruction d'un virion qui sera libéré par bourgeonnement a travers la membrane cellulaire sans que la mort cellulaire ne soit obligatoire.

                                     SPECIFICITE DE L'INFECTION PULMONAIRE CHEZ L'HOMME   

• On vient de voir que le covid utilisait les cellules saines pour se multiplier et infecter les cellules voisines .Concernant les voies respiratoires le premier contact se fait par les muqueuses tapissant le nez, la bouche, et les yeux.et se continue par propagation le long de l'appareil respiratoire pour arriver aux alvéoles (sacs d'air microscopiques) ou se font les échanges gazeux.(absorption d'oxygène et rejet de gaz carbonique).
• Les alvéoles sont tapissées par des cellules épithéliales de type 1 minces et fragiles qui régulent ces échanges et de grosses cellules épithéliales type2 en charge de réguler le surfactant(substance tapissant l'intérieur des poumons) qui empêche l'alvéole de s'effondrer par perte de pression mais aussi de se transformer en plusieurs cellules type 1 si nécessaire. En utilisant le récepteur ACE2 le virus empêche la conversion d'angiotenine2 ce qui en l'absence de régulation peut entrainer une surcharge inflammatoire« tempête de cytokines » avec détresse respiratoire obligeant à placer le patient sous respirateur afin d'augmenter la pression dans les alvéoles. Si les défenses immunitaires sont dépassées et que l'infection continue ,le virus envahit alors les autres cellules épithéliales 1. Les alvéoles sont inondées l'air ne peut plus circuler si extension à tout le poumon le patient suffoque et décède.